参合农民住院治疗出院后，可补偿的医药费用超过10000元以上的，可申请大病救助报销，按以下比例进行补偿：可补偿的住院医药费用达10000-40000元的，按80%给予补偿；可补偿的住院医药费用超过40000元以上的，按85%给予补偿。可补偿的住院医药费用超过10000元的，在县、乡级医疗机构治疗的可按住院补偿比例给予补偿，在县级以上医疗机构治疗的可按重大疾病进行补偿。但年内一般住院报销和大病救助报销金额两项合计最高不得超过年度住院报销封顶线20万元。

 申请大病医疗救助补偿程序为：经审核，可补偿的住院医药费用符合标准的，由个人提出书面申请，经所在村委会证明，由乡（镇）合管所提供调查核实证明材料后，报县合管中心审批，公示十天无异议后支付补偿款。